La canònica (1017-1592)
Els canonges són clergues regulars – sacerdots que viuen seguint una regla o normes que ordenen la vida comunitària- que busquen la perfecció en l’administració dels sagraments, la vida en comú, la pobresa i el servei pastoral i caritatiu a la comunitat cristiana. En el segle XII la comunitat es consolida i s’aferma gràcies a l’abat Ponç de Monells (1140-1193) que dóna gran dinamisme al cenobi i consagra la nova església el 1150. S’inicia un període d’esplendor que continuarà al llarg dels darrers segles de l’edat mitjana amb abats de la talla de Ramon de Bianya (1324-1348), Arnau Vilalba (1393 -1427), Pere de Montcorb (1427-1447) i Miquel Isalguer (1456-1484).
L’any 1426 és produeix un fet que canviarà la història de Sant Joan: l’abat Arnau de Vilalba decideix renovar la policromia del Davallament instal·lat a la capella central de la girola. Al centre del front de Crist es descobreix una Hòstia incorrupta que s’hi havia col·locat el 1251. Neix aleshores la devoció al Santíssim Misteri, nom amb el qual es coneix el Davallament integrat per set figures de fusta de dimensions naturals.