La col·legiata (1592-1856)
L’any 1592 la comunitat de canonges de Sant Joan és secularitzada en compliment de la butlla de Climent VIII. Al seu lloc, s’erigeix una col·legiata governada per arxiprests. Són moments de dificultats per al monestir, que perd les seves rendes i ha de lluitar per mantenir la jurisdicció espiritual. Tot i això, la vitalitat del monestir es fa palesa, entre altres fets, en la construcció del cambril per a hostatjar el Davallament i la nova capella dels Dolors.
La llarga i rica vida en comunitat del monestir finalitza a mitjan segle XIX. El monestir passa aleshores a exercir les funcions de parròquia.